Я получил ту же ошибку. Я смог очистить все файлы apache и php, но не могу установить libapache2-mod-php5 обратно. Дает мне ту же ошибку:
Creating config file /etc/php5/apache2/php.ini with new version
ucfr: Corrupt registry: Duplicate entries for /etc/php5/apache2/php.ini
libapache2-mod-php5 /etc/php5/apache2/php.ini
libapache2-mod-php5 /etc/php5/apache2/php.ini
libapache2-mod-php5 /etc/php5/apache2/php.ini
dpkg: error processing libapache2-mod-php5 (--configure):
subprocess installed post-installation script returned error exit status 3
Errors were encountered while processing:
libapache2-mod-php5
E: Sub-process /usr/bin/dpkg returned an error code (1)
То, что я сделал, чтобы решить эту проблему, было:
$ sudo nano /var/lib/ucf/registry
и удалить дублированные строки php.ini из этого файла. Не уверен, было ли это красиво, но это помогает.