Обновления установленных вручную пакетов

Да, будет. Пакет появится в разделе «Установлено локально» в Synaptic. Когда в репозиториях этого пакета появится обновление более новой версии, оно будет автоматически обновлено и перенесено в раздел «установлен».

Если по какой-то причине вы хотите сохранить пакет установленным, а не обновлять (не рекомендуется), вы можете «закрепить» его через синаптические меню. Это означает, что вы говорите системе придерживаться этой версии, игнорируя дальнейшие обновления. Этот параметр находится в пункте меню «пакеты», извините, я не могу загрузить скриншот прямо сейчас, но его легко найти.

Если у вас не установлен синаптик:

sudo apt-get install synaptic

И найдите его в тире.