Можно разбить сценарии в отдельные файлы для разработки, затем создать версию "выпуска", где Вы переполняете их всех вместе и работаете Компрессор YUI или что-то подобное на ней.
Я использую GtkOrphan, который делает задание приятно.
GtkOrphan (приложение Perl/Gtk2 для debian систем) является графическим инструментом, который анализирует состояние Ваших установок, ища осиротевшие библиотеки . Это реализует фронтенд GUI для deborphan, добавляя возможность удаления пакета.
Команда Use apt-get clean
. Согласно странице справочника это чистит загруженные пакеты, которые не дольше необходимы. Также в Синаптическом на низкой кнопке Status щелчка левой кнопкой и затем на левом Вы будете видеть не установленный. Выберите его, и Вы сделаете то, что Вы хотите.