На этот вопрос уже есть ответ:
Когда я выбираю выключение в верхнем правом углу, я получаю дополнительный вопрос в новом окне в середине экрана с большой кнопкой для выключения.
Как я могу напрямую выключить Ubuntu 13.10 без лишних вопросов?
Откройте терминал и работайте gsettings set com.canonical.indicator.session suppress-logout-restart-shutdown true. Это отключит диалоговое окно.
gsettings set com.canonical.indicator.session suppress-logout-restart-shutdown true