Могу ли я загрузить Clonezilla не с USB, а с основного внутреннего жесткого диска?

Неясный, что Вы спрашиваете, но здесь идете мое предположение.

я предполагаю, что Вы спрашиваете, возможно ли выполнить clonezilla, не загружаясь от usb сначала.

можно выполнить clonezilla, но Вы не можете клонировать смонтированные диски. Другими словами, Вы не можете клонировать диск, от которого работает clonezilla. Можно клонировать другие диски, если у Вас есть кто-либо.