Во-первых, посмотрите здесь: http://en.wikipedia.org/wiki/List_of_unit_testing_frameworks#C
Моя компания имеет библиотеку C, которой пользуются наши клиенты. Мы используем CxxTest (библиотека модульного теста C++) для тестирования кода. CppUnit будет также работать. Если бы Вы застреваете в C, я рекомендовал бы RCUNIT (но Кунит хорош также).
Можно или индексировать файлы через смонтированную файловую систему, если это приемлемо, или индекс на сервере, и используйте Recoll webui: https://github.com/koniu/recoll-webui
jf
DocFetcher может быть достойный внимания, особенно если веб-интерфейс не абсолютно необходим.