Используете ли вы Compiz, когда это происходит? Чтобы проверить это, перейдите в систему / настройки / внешний вид / визуальные эффекты и посмотрите, не установлено ли для него значение, кроме «Нет». Если для него установлено значение, отличное от «Нет», проблема исчезнет, если вместо этого использовать «Нет»?
Надеюсь, что это поможет, независимо от того.
Compiz затемняет окна, которые заморожены или не отвечают на события управления окнами. Затемнение является нормальным и просто способ сообщить вам, что это приложение не прослушивает входы.