Есть возможный способ сделать это. Посмотрите на "Действия Наутилуса". Вы можете написать свой bash-скрипт, который читает имя класса из stdin, создает файлы .h и .cpp. Добавьте это к действиям наутилуса. Разрешить выполнение этого скрипта из каталогов, которые вы хотите.